从深海捕捞到使用先进的设备生产加工鱼粉、鱼油，直至最后交货给客户，海洋原料生产的整个流程都可以追溯，并施行了严格的质量标准。
捕捞
饲料用鱼的捕捞主要针对人类不食或很少食用的高油、生长周期短、生长速度快的鱼类。政府规定了捕捞时间、区域及渔网网眼大小规格，严格控制捕鱼配额。大部分捕鱼船只安装了卫星追踪系统，政府可以监控捕鱼活动是否在规定的时间、区域内进行。同时，政府还会进行岸上巡检，以检查渔民捕获的鱼种、大小是否符合要求，以及是否遵守捕鱼时间、区域的规定。渔民通常使用冷藏的海水冷却保鲜捕获的鱼，避免其变质腐坏。
加工
鱼在工厂卸货的时候，被称重，抽样检测。大部分IFFO客户会员公司将通过挥发性盐基氮的指标来抽样检测鱼的新鲜程度。除鱼的重量以外，新鲜度也是评估渔民所获报酬的重要标准，以此鼓励渔民提供更多新鲜的原料鱼。
鲜鱼在85℃到90℃的温度下被蒸煮，以凝固蛋白质，析出部分油脂。这一过程同时能使微生物失去活性（见图）。洁净的传输、储存装置、较短的存储时间以及降低的温度可以最大限度的灭活微生物，避免腐化变质。同时，一个相对低的温度能抑制鱼的酶作用，避免另一种方式的变质。然后将经过蒸煮的鱼传输到螺旋压榨机中，挤压出汁水，将鱼压成鱼饼，再传输到干燥器。
挤压出的汁水经过倾析器，分离出剩余固体物质，然后经过离心器，分离油脂，生成浓稠的鱼汁。鱼汁再进行蒸发、浓缩。再将浓缩后具有粘稠性的鱼汁与干燥器中的鱼饼混合。一个典型的干燥器包含线圈，热蒸汽从线圈进入干燥器。这些线圈能控制温度达到90℃（温度由流量控制），使经过干燥的鱼饼水分含量仅为10%左右。而间接蒸汽干燥器或者真空干燥器等低温干燥器，会在一个比较低的温度下运行。
鱼油会再经过净化等步骤，分离出更多固体杂质，并使用特殊的过滤器，去除鱼油中可溶于油脂的杂质。再经过其他更为精细的加工程序，生产出清澈、无异味，用于制药或营养品的鱼油，例如鱼油胶囊。
操作管理
鱼粉不含碳水化合物，是水分含量仅为10%的固体物质，微生物在鱼粉中无法繁殖，但鱼粉可能会受到外部物质的污染，因此卫生条件的控制非常重要。下面将详细介绍鱼粉卫生条件的控制机制。在鱼粉处理过程中，清洁是防止交叉污染的重要因素。鱼粉在被卖出前，可以储存在容量为25千克的袋中，或容量为1吨的袋中，也可散装在仓库储存。
鱼粉生产工厂只能以鱼做鱼粉原料，不能使用其他动物原料。与其他原材料的控制相同，欧盟、日本等国家对鱼粉原料有着极为严格的控制标准，禁止鱼粉原料包含其他陆地动物。
大部分IFFO客户会员公司采用“危害分析关键控制点（HACCP）”机制来确保安全生产及控制产品质量。该机制需要外部检测人员确定关键控制点，严格监控及记录产品温度、湿度、微生物数量等相关信息。一旦出现任何容许范围外的偏差，应立刻调查，同时详细记录所发生的问题及解决方式，以备查询。
欧盟市场提倡鱼粉鱼油生产厂家采用国际饲料安全联盟（IFSA）的质量控制体系。该体系能对鱼粉从原材料到工厂加工、储存，再到运输至最后买家的全部过程进行质量控制。IFSA体系涵盖了荷兰动物饲料产品委员会（PDV）制定的饲料生产行业产品质量与安全保障体系标准（GCM+）及英国的饲料原料保证机制（FEMAS），有望成为欧洲及其他地区的主要质量控制体系。
链接：《联合国粮农组织渔业技术白皮书T142》对鱼粉、鱼油生产相关内容的规定。
产品成分
鱼粉是由鱼部分脱水并去除部分油脂而制成的，其成分与原材料鱼的成分类似。IFFO客户会员公司通常迅速处理原材料，将其冷藏以防止变质，力求最大限度地保存原材料鱼的营养价值。
标准质量鱼粉，通常被称为FAQ，干燥过程使用直接热空气烘干，适用于禽类及杂食性鱼类的养殖。而对于食肉鱼类、甲壳纲动物及乳猪的养殖，则需要质量更优的鱼粉。尽管因为对原材料新鲜度的要求更高，干燥过程特殊，优质鱼粉价格更高，但是对于上述特殊动物的养殖，优质鱼粉的效果是十分显著的。
来源：IFFO (2023)
标准质量鱼粉通常含有64%—67%的粗蛋白，12%的脂肪。优质鱼粉蛋白质含量更高，能达到68%—72%。同时，优质鱼粉的胺含量更低，说明鱼粉更加新鲜。例如，组胺含量不超过1000 PPM。而对于标准鱼粉的胺含量则通常没有要求，因此没有具体规格。
优质鱼粉的生产过程要求更高。生产厂家会采用特殊的干燥器进行干燥，比较常用的方法是间接蒸汽烘干或真空干燥。低温干燥的优质鱼粉通常被称为LT鱼粉或超级鱼粉。如果没有特殊的低温干燥器，优质鱼粉的消化率会稍微降低，根据对鱼消化率的测试，一般低2-3个单位。
胃蛋白酶消化大致能反映出干燥过程是否温和。优质鱼粉的胃蛋白酶消化率超过92%。在目标养殖动物上测得的消化率是一个更为可靠的指标，但是花费较高。LT鱼粉或超级鱼粉的这个指标为89%。标准鱼粉的胃蛋白酶消化率一般在85%以上。
注意：以上数据仅供参考，不用于合同制定等目的。