质量控制的目的是保证鱼粉、鱼油不掺杂其他物质，含有较高的营养价值，以充分发挥其作用。产品质量包括新鲜度及外观等物理性质、感官特性以及营养价值。
下列为鱼粉、鱼油质量控制的重要因素：
 原材料新鲜度：原材料的新鲜度对制成品的蛋白质质量密切相关。缩短鲜鱼从捕获到加工的时间间隔，以及使用冰水保鲜，防止鲜鱼变质是十分重要的。鲜鱼变质会产生生物胺，例如组胺和尸胺，这些物质可以作为判断鱼粉新鲜度的指标。

 加工过程的温度控制：工厂的加工控制对于生产高品质鱼粉有重要作用。蒸煮及烘干温度控制在90℃以下能提高制成品的营养价值，尤其能提高制成品的消化率，同时灭活原材料中含有的有害细菌。

 脂肪稳定度：鱼粉、鱼油中EPA和DHA等多重不饱和脂肪酸的含量较高，容易氧化变质，需向其中添加乙氧喹等抗氧化剂，在炎热环境中更应如此。

 卫生控制：为提高制成品的质量，渔船储存鲜鱼的装置、运输设备、工厂储鱼池等装置及设备都必须洁净、卫生，以防鲜鱼变质。生产工厂应干湿分离，并尽可能地减少不同生产程序之间的人员及设备流动。生产工厂应采取措施防止沙门氏菌或霍乱弧菌、志贺氏菌对制成品的污染。因此，应谨防生产厂房有其他昆虫、动物或鸟类粪便的存在。工厂应制定一套切实可行的卫生控制体系。

养殖动物是很多人类食品的原料来源。因此，安全卫生的动物饲料对动物及人类健康都有重要的影响，饲料及食品链的安全也成为整个产业的首要目标。国际饲料安全联盟（IFSA）由欧洲主要的饲料产业控制协会联合组成，其中包括以饲料原料保证机制（FEMAS）为标准的英国工农业联盟、以优良动物饲料生产规范（GMP）为标准的比利时OVOCOM组织、以饲料生产行业产品质量与安全保障体系标准（GCM+）为标准的荷兰动物饲料产品委员会（PDV）、以动物饲料质量标准手册（QS）为标准的德国QS组织以及欧洲饲料产业联盟 (FEFAC)。这个体系以ISO 19011:2002和“危害分析关键控制点（HACCP）”机制为基础，标准涵盖了对申请人及审计人的具体要求。“危害分析关键控制点（HACCP）”机制需要外部检测人员确定关键控制点，严格监控及记录相关信息。一旦出现任何容许范围外的偏差，外部检测人员应立刻调查，同时详细记录所发生的问题及解决方式，以备查询。质量保证体系确保产品安全、纯净、可追溯。

 可追溯：鱼粉、鱼油使用者可以追踪鱼粉、鱼油自生产至运输、储存的全部过程。

 安全：鱼粉、鱼油的杂质、纯度等各项指标均达到法律规定的质量标准，不含致病生物、真菌毒素及天然毒素等。

 纯净：鱼粉、鱼油生产工厂应仅处理海鱼或其他海洋甲壳或软体动物，而不能处理哺乳动物或鸟类等其他种类的动物。生产工厂需要确立一个有效的检测机制，以防在生产加工过程中鱼粉、鱼油被污染。